El 21 de septiembre de 1901, el Arzobispo de Buenos Aires, Monseñor Mariano Antonio Espinosa, fundó la Obra de Conservación de la Fe, institución de carácter privado, destinada a la educación de los niños según los mandamientos y preceptos de la Iglesia católica, cuyo lema era: “Por Dios, por la Patria y el niño”.
En 1902 se había bendecido una capilla con el mismo nombre
La Arquidiócesis de Buenos Aires; viendo la necesidad de fundar un colegio de varones. El año 1906, es fundado la “escuela parroquial San José”, (A-244) quedando así a la derecha del templo el colegio de niñas (Santa Rita) y a la derecha el de varones (San José).
El 18 enero de 1913, era inaugurado el templo de la Parroquia San Francisco Javier en terrenos que pertenecían también a la Obra de la Conservación de la Fe. En 1913 fue elevada a la categoría de “curato” junto a las Parroquias de Nuestra Señora del Rosario (que pertenecía a la Inmaculada de Belgrano, al oeste del arroyo Maldonado) y la Parroquia Santa Julia en Caballito. Cada una en su barrio, habían sido edificadas “por la benemérita Sociedad de la Conservación de la Fe”. Extractado de “Arzobispado de Buenos Aires, Pbro. Ernesto R. Salvio, la creación de parroquias en la iglesia particular de Buenos Aires, 1ª parte, desde la colonia hasta 1923.
Muchos años después de fundadas las secciones iniciales y primaria, surge la idea de la apertura de la Sección Secundaria. A fines del año 1990 y por pedido de los padres del Colegio Santa Rita.
En Febrero del año 1992 asume el cargo de Rector del Nivel Medio el Prof. Fernando Croas. Se inician las actividades con cincuenta alumnos distribuidos en dos divisiones de primer año bajo el nombre y la característica (A-136) del Colegio Santa Rita y con un plan de Comercial Diurno (RM 6680/56).
En el año 1993, por problemas de espacio, el Colegio comienza a funcionar en dos turnos, los segundos años por la mañana y el primero por la tarde. La admisión al Colegio se realiza con un examen de ingreso.
A fines del año 1993 el Representante Legal Fernando Britos, se aleja del cargo, asumiendo esa función el Dr. José Luis Pinto Gross.
En el año 1994 el Secundario comienza a funcionar dentro del Edificio del Colegio San José y solamente en turno tarde. Cambia el nombre de Santa Rita por “Juan Pablo II”. A partir de este momento las instituciones funcionan de la siguiente manera:
Turno Mañana Instituto San José (A-244) – Primario.
Turno Tarde Instituto Juan Pablo II (A-136) – Sección Secundaria del Colegio Santa Rita.
Turno Mañana y Tarde Instituto Santa Rita (A-136) – Primario
En el año 1995 los colegios Santa Rita y San José son unificados y se crea el Centro Educativo San Francisco Javier (A-136), tomando la característica del colegio más antiguo (Santa Rita). Asume interinamente como Representante Legal el Sr. José Luis González.
A principios del año 1996 y estando ya en vigencia la fusión colegios en un solo Centro Educativo, asume como párroco el Prbro. Martín Santiago Bracht. Así nuestro colegio pasa a tener los siguientes niveles y turnos:
Mañana
Inicial y primario (2 secciones de cada uno).
Tarde
Inicial y primario (1 sección de cada uno)
Secundario (7 divisiones en total)
En Octubre de ese mismo año, asume el cargo de Rector de la Sección Secundaria el Prof. Hugo Desimone.
En 1997 asume como Representante Legal el Pbro. Martín Santiago Bracht nombrando como Apoderado Legal al Prof. Fernando Daniel Cugliandolo.
Comienza a funcionar un primer año en el turno mañana. Se transforma el plan de estudios para el ciclo superior en “Perito Mercantil con Especialización Contable e Impositiva” – R.M. 191/91 – Se realizan campamentos y retiros espirituales.
En 1998 funcionan los 1ros. y 2dos. años en el turno de la mañana y el resto por la tarde.
A partir de 1999 toda la sección secundaria pasa a funcionar en el turno mañana. Comienza como experiencia el plan de pasantías vocacionales. A su vez para el Ciclo Lectivo 2002, la sección cuenta con un total de 9 divisiones y 265 alumnos.
En el año 2004 a pedido de las familias y viendo la necesidad de ofrecer una Orientación Humanista, se abre el plan de Bachiller con orientación en Acción (RM 288/91).
En el año 2013 la población del Centro Educativo ha crecido notablemente, ofreciendo a nuestro barrio una Educación Evangelizadora que forme a sus alumnos para responder a las demandas de la sociedad actual.
Jardín de infantes cuenta con 90 alumnos en 4 salas de doble jornada.
Primario cuenta con casi 400 alumnos en 10 grados doble jornada.
Secundario cuenta con 300 alumnos en 1 divisiones horario extendido e inglés intensivo.